Při rozboru znakového klíče, který je v práci chápán jako sestavení legendy atlasu, probíhaly významné konzultace s pracovníky Vědecké knihovny v Olomouci.
Prvním krokem práce bylo označení použitých znaků a symbolů na atlasových listech. Následovala jejich identifikace. Jako velký problém se ukázala časová nejednotnost mapy. Mapa nezachycuje aktuální stav doby svého vzniku, ale v mnohém kopíruje jiná, starší portolánová díla. Tato skutečnost velmi komplikovala identifikaci hlavně u symbolů znázorňujících nadvládu nad městem či oblastí.
Dále byl zpracováván systém legendy v souladu se zásadami tvorby legendy. [4] Zásady se však nepodařilo dodržet v plné míře, což vyplývá z povahy díla. Mapa a tedy i její znakový klíč, vznikly v době, kdy pravidla pro sestavování legendy v dnešním slova smyslu ještě nebyla ustálena. Kromě toho musí být bráno v potaz, že Olomoucký portolánový atlas vznikal v době, kdy nautická díla získávala silně komerční charakter a umělecká hodnota mapy, převažovala hodnotu kartografickou.
V práci nebyla dodržena zásada úplnosti legendy. Na mapách se stále vyskytuje několik neidentifikovatelných znaků. Jedním z nich je kolorování pobřežní čáry. Ani tato práce nepřináší vysvětlení. Pobřežní čára je na několika místech atlasu doplněna barevnou linkou v odstínech zelené, a růžové barvy. Nepodařilo se vysvětlit smysl kolorování ostrovů. Ty jsou vykresleny v zelených, červených a modrých barvách bez zjevného opodstatnění a je tak pravděpodobné, že toto řešení mělo pouze podpořit atraktivitu map.
Problematické bylo dodržení nezávislosti legendy. Nadvláda Osmanské říše je na mapách vyjádřena hned několika odlišnými symboly. Tento problém byl nakonec vyřešen uspořádáním všech těchto znaků pod jeden zápis v legendě.
Obrázkové bodové znaky sídel byly považovány za složené obrázkové bodové znaky, kdy první částí je chápána vlastní kresba města a druhou kresba vlajky, představující nadvládu nad tímto sídlem.
Znaky byly v rámci skupin uspořádávány dle významu. Legenda je vytvořena v souladu s označením na mapě.
Na všech listech je vykreslena směrová růžice. Ta zobrazuje 32 základních světových směrů. Černou linkou jsou zachyceny 4 hlavní a 4 vedlejší směry – tzv. směry hlavních a vedlejších větrů, zelená linka zobrazuje 8 polovičních větrů – směrů a červená 16 čtvrtinových větrů – směrů. V úvodu přílohy legendy je zobrazena směrová růžice s popisem směrů a jejich úhlů společně pro všechny mapy.
V úvodu legendy je také společně pro všechny listy zachyceno délkové měřítko. To se vyskytuje na všech mapách a je znázorněno ve španělských námořních mílích, kdy 1 míle = 1046 m. Je tvořeno systémem čárek a teček, přičemž barva čárek se střídavě mění z modré na červenou. Čárky jsou od sebe vzdáleny 50 mil (tedy 52,3 km). Tečky tuto vzdálenost dělí do pěti částí po 10 mílích = 10,46 km.
Třetím jevem zachyceným společně pro všechny atlasové listy v úvodu legendy je popis na mapách. Ten barvou odlišuje hlavní a vedlejší prvky popisu mapy, kdy za vedlejší prvky jsou v atlase brány zřejmě menší přímořská města a méně významné ostrovy. U tohoto odlišení se nepodařilo stanovit určitou hodnotovou či velikostní hranici.
