Zájmové území v severní části Javoříčského krasu stejně jako Moravský kras náleží do Drahanské vrchoviny, dá se tedy předpokládat, že její vývoj byl v hlavních bodech pro obě oblasti společný. Kromě toho je vývoj povrchového reliéfu i podzemních prostor odvozen z analýzy rozložení jeskynních systému podle nadmořské výšky, ze které lze usuzovat jejich relativní stáří a ze závislosti průběhu jeskynních chodeb na plochách foliací a puklin.

Během paleogénu se díky teplému humidnímu klimatu začala na původním mírně zvlněném, silně denudovaném povrchu krasových oblastí Drahanské vrchoviny formovat širší plochá údolí (Dvořák, 1998). Špraněk tehdy existoval pouze severněji od dnešního Zkamenělého zámku zhruba v délce dnešního dolního toku a odvodňoval pouze SV část. Zbylé zájmové území odvodňoval další tok směřující ke Hvozdu (Loučková, 1963). Rozvodí představovala již jen nepatrně vyklenutá oblast mezi Zkamenělým zámkem a Vojtěchovem tvořená drobnou antiklinálou procházející přes vrcholy Špraňku (518 m n. m.) a Šplázu (538,9 m n. m.).

Během sávské fáze alpinské orogeneze ve spodním miocénu došlo k shrnutí příkrovů flyšového pásma Vnějších Západních Karpat, vzniku prolomu Vyškovské brány a zároveň vyklenutí Drahanské vrchoviny (Dvořák, 1995). V reakci na tyto události se změnily hydrografické podmínky, zejména se snížila erozní báze, která vedla k většímu zahlubování vodních toků a prohloubení starého údolí Špraňku. Pozůstatkem po výrazné zpětné erozi jsou také četné krasové kaňony v Moravském krasu (Dvořák, 1995). Panoš (1963) v tomto období ještě předpokládá dominující funkci povrchových vodních toků. Až postupující zpětnou erozí na toku Špraňku a jeho krátkých přítocích byla podchycena Javoříčka původně směřující k JV a načepován vodní tok z vyššího a staršího údolí směřujícího ke Hvozdu (Loučková, 1963). Následkem těchto událostí a snaze všech vodních toků přiblížit se nižší úrovni erozní báze (v okolí Javoříčka představované Třebůvkou a v Moravském krasu Svitavou), začaly vznikat na konci spodního miocénu při hranici mezi krasovými a nekrasovými horninami jeskynní systémy s funkcí ponorů (Dvořák, 1995). V oblasti Javoříčka však dosavadní podzemní cesty nebyly schopny odvádět všechnu vodu původním sz. směrem k vývěru pod Zkamenělým zámkem a část vod se začala podél tektonických poruch stáčet k SV do nitra vrcholu Špraňku, kde modelovala svrchní patro dnešních Javoříčských jeskyní (Loučková, 1963). V zájmovém území se z nejvyšší a nejstarší úrovně říčních jeskynní 440,001-465 m n. m. zachovala kromě svrchního patra Javoříčských jeskyní Velká jezevčí díra naproti Zkamenělému zámku a Velká jezevčí díra u Kadeřína (modelovaná Blažovským potokem).

Jeskynní chodby vznikaly především podél poruch ssv.-jjz. směru a sz.-jv. směru. Po srovnáním směrů drobných strukturních prvků (foliací a puklin) porušujících skalní výchozy na povrchu a jednotlivých směrů tektonických poruch v podzemí je zřejmé, že jejich hlavní směry jsou shodné a poruchy v podzemí tedy odpovídají plochám foliací a puklin. Navíc tyto převažující směry jsou téměř totožné s hlavními směry krasovění v Moravském krasu (Motyčka et al., 2000), Hranickém krasu či krasu v Nízkém Jeseníku (Havíř - Dvořák - Otava, 2003).

Na počátku středního miocénu (spodní báden) zaplavilo v. část Českého masívu moře, z něhož se na mnoha místech v Moravském krasu usazovaly vápnité jíly (Dvořák, 1994). V širším okolí Javoříčka je nález marinních šedozelených jílů a světle žlutých organogenních vápenců s četnými fragmenty hlubokovodnější foraminiferové mikrofauny prokazatelně spodnobadenskeho stáří zdokumentován z trati j. od Bouzova (asi 5 km sz. od zájmového území; Panoš et al., 1998). Po srovnání nadmořské výšky výskytu "bouzovského" badenu (365 m n. m.) a nadmořské výšky nejnižšího bodu v zájmovém území (362 m n. m.) lze sice předpokládat, že moře mohlo zasáhnout až do okolí Javoříčka, avšak v jeho bezprostřední blízkosti dosud žádné důkazy o transgresi spodnobádenského moře nalezeny nebyly. V každém případě se však zvýšila erozní báze, takže došlo ke zpomalení vodních toků a následné intenzivnější fluviální sedimentaci. Během transgrese byly veškeré krasové procesy v Moravském krasu přerušeny (Dvořák, 1994), v případě Javoříčského krasu alespoň silně omezeny.

Po regresi bádenského moře (až do konce miocénu) docházelo v obou krasových oblastech k permanentní erozi mořských či říčních sedimentů z povrchu (Dvořák, 1994). Velký vliv na vývoj území Javoříčského krasu měl od miocénu pokles Uničovské pánve v severní části Hornomoravského úvalu (pokračující až do pleistocénu; Šauer, 1937), který způsobil opět snížení lokální erozní báze, výraznější zařezávání podzemních toků, načepování dalších zdrojnic na horních tocích a vznik druhého patra Javoříčského jeskynního systému - Hlinitých jeskyní, popř. i prvních spojovacích propástek se třetím patrem (Loučková, 1963). Pouze během pliocénu došlo ještě k výraznějšímu zvýšení hladiny podzemní vody a k dočasnému navrácení podzemního toku Špraňku do svrchního patra, kde se zachovaly sedimenty z tohoto období (paleontologicky datované na základě kostí z netopýrů; Horáček, písemné sdělení 2005). Do nové, mladší jeskynní úrovně v nadmořské výšce 415,001-440 m mohly původně patřit i jeskyně Habří a Za hájovnou. Masív Brablence (481,2 m n. m.) však později, pravděpodobně v pleistocénu díky doznívajícím poklesným pohybům Uničovské pánve (Šauer, 1937), poklesl i s těmito jeskyněmi podél zlomu procházejícího údolím Javoříčky. Na základě paleomagnetického datování byly v jeskyni Za hájovnou doloženy sedimenty ze spodního až počátku středního pleistocénu, paleontologickým výzkumem byl identifikován střední až svrchní pleistocén (Kadlec, písemné sdělení 2005; Musil, ústní sdělení 2005).

V závislosti na střídání glaciálů a interglaciálů se měnilo chování vodních toků. V Moravském krasu obecně platilo, že v chladnějších obdobích se ukládalo větší množství fluviálního materiálu a údolí se tak postupně zanášela (Kadlec et al., 2001). Během interglaciálů pak docházelo k erozi starších sedimentů a prvním snahám o vytvoření spojovacích cest s dalším, třetím patrem. Na konci středního pleistocénu se na některých silně zkrasovělých místech severní části Moravského krasu projevilo řícení (Kadlec - Beneš, 1996). Loučková (1963) uvádí, že i v silně zkrasovělé oblasti mezi Vojtěchovem a Zkamenělým zámkem se vlivem otřesů při poklesu masívu Brablence opakovaně zřítily stropy mezi jednotlivými etážemi, takže se část toku Špraňku dostala na povrch a protékala nově vzniklou soutěskou. Dodnes se zachovala jen stěna pod Zkamenělým zámkem se dvěma skalními okny jako relikt původní vývěrové jeskyně. Řícení se projevilo také ve svrchním patře Javoříčských jeskyní, ale v menší míře. Snad díky nižšímu stupni zkrasovění došlo pouze na některých místech k poklesu dna jeskyně či zřícení části stropu (např. v Dómu gigantů). Během svrchního pleistocénu se vyhloubením koryt ve fluviálních usazeninách zpřístupnily propojení s nejnižšími podzemními cestami vodních toků (Loučková, 1963). Jedinou říční jeskyni, která je známá z tohoto spodního patra, představuje Jeskyně ve Zkamenělém zámku. Podle její polohy v terénu a úklonu zde naměřených subhorizontálních puklin k SZ (140/20) predisponujících směr proudění podzemního toku, ji lze považovat za relikt nejnižšího jeskynního patra nad sz. větví potoka Špraňku. V holocénu pokračovala především eroze starších sedimentů. V jeskyních opuštěných vodním tokem se postupně usazovaly vrstvy infiltračních sedimentů (Kadlec et al., 2001).

Z hlediska vývoje krasového území v moravsko-slezském paleozoiku je nejlépe prostudován Moravský kras, o němž již byly publikovány desítky prací, neboť jeho typický reliéf s četnými rozsáhlými jeskynními systémy přitahovaly odpradávna pozornost speleologů, geologů a dalších odborníků. Vývoji území v s. části Javoříčského krasu se dosud, snad pro jeho malou rozlohu, věnovalo jen minimum pozornosti (Loučková, 1963, 1964; Panoš, 1955, 1958). Diplomová práce tedy přispěla k poznání vývoje tohoto tak specifického území, jakým kras v okolí Javoříčka bezdiskuse je. Další využití práce spočívá především v možnosti následného srovnání s nejbližšími krasovými oblastmi, Mladečským krasem či jižní částí konického krasu, o jejichž vývoji zatím také není příliš známo.